Hva er en proksimal Arrangøren?

A proksimale promoter er en region i deoksyribonukleinsyre (DNA) like før begynnelsen av et gen hvor proteiner og andre molekyler som bindes i forberedelse for å lese det genet. Promotorområdet er viktig for de fleste genene som skal leses og transkribert til protein, i både enkle prokaryote celler og mer komplekse eukaryoter. En rekke proteiner som kalles transkripsjonsfaktorer binder seg til DNA i denne regionen, og de utfører mange oppgaver forbereder seg for gentranskripsjon. Den viktigste av disse funksjonene er å bygge et stillas av proteiner som inneholder DNA åpen og transkriberer den riktige gen samtidig.

Den nøyaktige plassering og struktur av en proksimal promoter varierer mellom gener og celletyper. Prokaryote celler, de som er uten kjerne, har vanligvis en type av promoteren mens eukaryote celler, de som har en ekte kjerne, har en annen. Promotorer som regel ligge noen få nukleotider oppstrøms for, eller før, genet som de kontrollerer. Nesten hver arrangøren inneholder en spesiell sekvens av nukleotider som identifiserer den som sådan. Generelt er prokaryote promotorer identifisert ved en gruppe av nukleotider som kalles Shine-Dalgarno-sekvens, og eukaryote promotere er identifisert ved en spesifikk genetisk sekvens kalt TATA-boksen.
Ad

Til tross for disse relativt enkle regler, ikke hver proksimale promoter følger dem, noe som kan gjøre å identifisere dem, og de genene de kontrollerer, noe vanskelig. Avstanden mellom en promoter og dens genet ikke er løst innen en art eller i en enkelt organisme, så bestemme hvor de sitter i forhold til hverandre er ikke trivielt. Proksimal promotorsekvens blandinger er ikke alltid er identiske; De kan meget i lengde, sammensetning, eller begge deler. I tillegg markør sekvensene til Shine-Dalgarno-boks eller TATA-boksen har noen variasjon i dem. Hvordan de ulike transkripsjonsfaktorer gjenkjenne arrangører i møte med denne iboende variabilitet er ikke lett å avgjøre, og nye eksempler vises ofte som kaller inn spørsmålet i disse tidligere robuste løsninger.

Når et gen er svært nær et annet gen, muligheten finnes som sin proksimale promoter kan bli påvirket av det som skjer i nærheten genet. Noen ganger er dette gjort med hensikt i genomet, kanskje for å stimulere multiple gener på en gang eller regulere deres virkning samtidig. Andre ganger er en forbindelse mellom to gener gjennom en promoter aktivitet gjort feil. For å unngå dette krysstale mellom gener der det ikke er garantert noen genomer har isolator regioner mellom dem. Denne ekstra regionen er ikke alltid nødvendig, og noen genomer unngå krysstale av genet posisjonering på andre måter, som å tvinge ett gen for å være inaktiv mens en annen er aktiv.