Hva er en ubiquitinering analysen?

ubiquitinering refererer til binding av proteinet ubiquitin til andre proteiner med tre forskjellige enzymer. En ubiquitinering analysen er en test som avgjør hvor mye av denne prosessen skjer i cellen. Tester kan brukes til å bestemme hvordan ulike forhold påvirker proteinbinding, trinn og strukturer som er viktige i ubiquitinnation reaksjonsveien, og mengden av protein i cellen. Utilstrekkelige eller overabundant beløp har vært knyttet til utvikling av mange forskjellige sykdommer.

Et protein som finnes i cellene, er funksjonen av ubiquitin er å bindes til proteiner samtidig fungerer som et "merke" eller signal til andre strukturer. Denne "tag" signaliserer deretter enzymer for å vite at proteinet kan bli ødelagt, resirkulert, eller flyttet. Resultatet er at ødeleggelse eller transport av proteiner.

Disse tagging proteiner er viktig for DNA-reparasjon, virusinfeksjoner og immunrespons. Andre viktige funksjoner inkluderer roller i celledød, celledeling og utvikling av celler. For mye ubiquitin, eller mangel derav, kan spille en rolle i dannelsen av mange sykdommer, som kreft, genetiske lidelser og sykdommer i immunsystemet.

Forskere bruker en ubiquitinering assay for å prøve å finne ut hvilke forholdene endrer konsentrasjonen av proteinet i cellen, og å sammenligne syke celler med friske celler. Forskere også bruke den til å undersøke hvilke forhold vil føre til en endring i binding. I tillegg kan de prøver å knytte spesifikk DNA-kode med den mengden av enzymer i cellen.
Ad

Det er mer enn en type ubiquitinering assay som forskere spesielt bruk. Man vil bestemme prosentandelen av proteiner som er bundet med ubiquintin. En annen undersøker aktiviteten av enzymer eller tilstedeværelse av andre mellomprodukter som finnes i ubiquination pathway. Ulike analyser er utviklet på grunnlag av målproteinet som ubiquitin vil binde seg til.

Grunnlaget for en ubiquitinering analysen er å inkorporere en forbindelse som er merket med en annen lett måles kjemisk. I onkologi analyser, kan ubiquitin merkes med kryptat, en forbindelse som inneholder to nitrogenatomer. Dette kan brukes til å bestemme hvilket enzym som er mest aktive i cellen.

A ubiquitinering assay vil ha to trinn. Den første er en enzymatisk trinn hvor enzymer som vil binde det merkede ubiquitin til målproteinet. Den andre er et deteksjonstrinn hvor binding av målproteinet er undersøkt ved hjelp av et konjugat slik som et antistoff. Antistoffet vil fluorisere, eller endrer farge, som deretter gir forskeren til å bestemme aktiviteten av enzymene.