Hva er Gene Expression Profiling?

Genekspresjon profilering er en måte å måle aktivitetsnivået i flere tusen gener samtidig. Identifisere genutrykksmønster i en organisme er neste skritt etter at genomet til en organisme har blitt sekvensert. Genekspresjon profilering forsøk er vanligvis utført på hele genomet til en organisme på en gang. Måling genuttrykk nivåer i en organisme gir et bilde av hvordan organismens celler fungere i løpet av cellesyklus, eller som svar på bestemte stimuli

Genene til en organisme kan være i en av to stater. Slått på eller avslått. Når et gen er slått på, er det å bli transkribert til mRNA, som inneholder instruksjoner for å gjøre det protein som er kodet for av genet. Når genene er skrudd på, de er sagt å være å bli uttrykt. Når et gen er slått av, er det ikke blir transkribert til mRNA og blir ikke uttrykt.

DNA av enda en encellet organisme inneholder tusener av gener, men bare en brøkdel av disse genene er skrudd på til enhver tid. Mønsteret av gen-ekspresjon i en celle på et bestemt punkt i tid er referert til som dens genet profil. Ser vi på hvilke typer gener slås på i en celle kan gi store mengder vesentlig informasjon om celler og organismer.
annonse

I en genuttrykk profilering eksperiment, er DNA microarray teknologi som brukes for å få en måling av relativ aktivitet av tidligere sekvensert gener. Disse forsøk involverer typisk å måle mengder av mRNA i en kontroll og innstilling i en eksperimentell innstilling, for å bestemme effektene av en eller flere variable for genekspresjon. Ved hjelp av en styre er viktig fordi det etablerer utgangs mRNA-nivåer for normale cellulære betingelser.

Ser på hvordan mRNA nivåer endre seg i takt på stimuli viser hvordan cellulære behov for proteiner endres som følge av nye miljøforhold. Denne informasjonen er nyttig for rene forskningsformål, men kan også være viktig i medisin. For eksempel, hvis brystkreftceller blir brukt i DNA-mikroanalyse, kan en profil viser at i kreftceller bryst en viss type reseptor er aktiv som normalt er inaktiv. Når reseptoren er vist å være kreftspesifikke, kan det vise seg å være et effektivt medikament mål.

Genekspresjon profilering har faktisk vært brukt som et prognostisk mål for brystkreft. Dette er nyttig fordi kvinner på samme stadium av sykdommen kan reagere svært forskjellig på behandling, og har svært ulike prognoser. Ved hjelp av DNA-mikroanalyse for å bygge opp genekspresjonsprofiler har vist seg i det minste i en studie at en viss genekspresjon profil i brystkreft celler korrelerer med dårlig prognose. Denne bruken av genuttrykk profilering teknologi bidrar til å identifisere kvinner som kan ha nytte av mer aggressiv behandling.