Hva er Microarray analyse?

DNA mikromatriseanalyse benyttes i molekylær biologi og diagnostisk medisin for å finne ut hvilke gener i en celle er slått på ved et visst tidspunkt. Denne teknikken er kjent som en multipleks-analyse, fordi det kan måle tusenvis av prøver i en enkelt analyse. DNA-mikroanalyse teknikker brukes for å tolke data fra forsøk utført på RNA, så vel som DNA, avhengig av de spesielle krav til eksperimentet.

Grunnlaget for DNA mikromatriseanalyse er den høye spesifisitet av DNA-molekyler, og den evnen til å velge unike sekvenser av DNA for å representere et spesielt gen. En mikromatriseanalyse eksperiment utføres på en fast overflate fremstilt av et glass eller silikonbrikke på hvilket det er lagt et kjemisk matrise. På overflaten av matriksen DNA- eller RNA-prober er stilt opp i ordnede rader.
annonse

Når brikken er satt opp med de nødvendige sonder, cellene blir undersøkt er forberedt. For å fremstille cellene, må de være brutt åpen, slik at nukleinsyrene som de inneholder, kan isoleres. En rekke reagenser blir tilsatt for å ekstrahere og konsentrere de nukleinsyrer som inneholdes i cellene. Deretter blir nukleinsyren ekstraktet tilsatt til brikken, som så igjen i flere timer for å gi tid til sondene for å samhandle og binde seg til cellulære nukleinsyrer. Endelig er en ytterligere serie av reagenser tilsatt til chip for å identifisere steder hvor cellulære nukleinsyrer som er bundet til probene.

Microarray analyse blir så brukt til å bestemme hvilke prober har vært i stand til å detektere cellulære nukleinsyrer. Dette er ofte en kompleks analyse, som en enkelt brikke, kan inneholde titusener av unike prober. Rekkefølgen av probene på brikken er lagret i en datamaskin database, slik at resultater kan oppnås lett. Ved hjelp av brikken og databasen, kan en vitenskapsmann utvikle en liste av gener som er bundet til probene og var derfor til stede i den opprinnelige celleekstrakt.

microarray analyse teknikken er vanligvis brukes i genuttrykk profilering. I denne type forsøk er microarray satt opp for å undersøke mønstre av gen-ekspresjon i celler. Prober for genene av interesse er inkludert på microarray, og når forsøket er ferdig, kan microarray data analyse avgjøre hvilke av de genene som studeres ble slått på på et bestemt tidspunkt.

Andre bruksområder for denne teknikken omfatter komparativ genomisk hybridisering og SNP deteksjon. Komparativ genomisk hybridisering er en test som undersøker genomisk innhold i celler av beslektede organismer. Denne type analyse gir informasjon om de genetiske sammenhenger mellom ulike arter.

SNP deteksjon er en teknikk som kan brukes i rettsmedisinske analyser, koplingsgruppe analyse og vurdering av genetiske sykdomsrisiko. SNP'er er enkeltnukleotidpolymorfi, steder på genomet ved hvilken det er to mulige basepar-sekvenser. SNPs kan gi en rekke nyttige genetisk informasjon på grunn av det faktum at ulike SNP variasjoner i ulike etniske og geografiske populasjoner.