Autodock som et eksempel på Cloud Computing i HTS

IntroductionHigh throughput screening teknologi er ikke mer rett frem og konvensjonelle som det var i den første perioden av funn. Siden den ble oppdaget i 1990 'mange modifikasjoner har blitt formidlet til å forbedre parametrene av HTS. Tidligere HTS stolte bare på analysene som bidro i oppdagelsen av svært nyttige hemmere som imatinib, VELCADE, gemcitabin og listen fortsetter. Disse hemmere likte vellykkede forsøk på kliniske applikasjoner og ble tatt i bruk over hele verden til å kurere mange sykdommer. Men med passering av tid beregnings teknologier begynte å forutsi modeller for effektiv inhibitor designer. Denne virtuelle screening vunnet popularitet for å utvikle inhibitor analoger i en tid og kostnadseffektiv måte. I dag er den perioden av cloud computing, sammenslåing av høy gjennomstrømning screening og virtuelle screening. Det revolusjonerer videre prosessen med medisiner via HTS og gjør prosessen enklere, rask og koste effective.The begrepet cloud computing er laget for teknologier som gir programvare, datatilgang, beregning og lagring tjenester over et nettverk dvs. internett. Cloud computing krever ikke konfigurering av systemet som leverer tjenester eller fysiske plasseringen av sluttbruker. Det er analog til en film som nytes av seerne uten å vite de tekniske kompleksiteten involvert før du leverer det til markedet. Cloud computing er en internett-basert applikasjon som infrastruktur inneholder tjenester som leveres gjennom felles datasentre [1]. Denne deling av data minsker teknologi hull rundt om i verden. Cloud computing gir deg enkel og rask tilgang til beregningsressurser til forskerne for å tilrettelegge for legemiddel process.Computer-Aided Drug Discovery (CAAD) teknologi har satt fart i prosessen med høy gjennomstrømming screening. Dessuten lar HTS screening av flere tusen kjemiske biblioteker for en rekke mål i en meget kort tid. Dette resulterer i en stor mengde data tilgjengelig vedrørende hemmere, treff, fører, kandidater og senere narkotika. Bare screening med høy hastighet er til ingen nytte hvis ikke en skikkelig lagerbygning for disse dataene er tilgjengelige. Dette stabburet bør være spesifikke for den type forskning som utføres, og bør ha muligheten til å ordne data på en hensiktsmessig måte, slik at det kan analyseres og brukes enkelt senere for videre forskning. Cloud computing gir slike programvare som er potensielle stabbur og forestående arrangører av data. Brukeren trenger bare å ha rask tilgang til et nettverk (Internett) for å benytte disse facilities.Drug oppdagelsen allment fokuserer på samspillet mellom inhibitorer mot målene. Dette samspillet har sentral rolle i utviklingen av narkotika. Reseptorsetet kan samhandle med vannmolekyler. Riktig dokking av inhibitoren på reseptorsetet av target er avgjørende for oppnåelse av medikamentaktivitet. Autodock er den mest brukte docking programvare over hele verden. Det er internett fordelt gitter anvendes for databehandling. Andre beregningsprogrammer inkluderer IBMs World Community Grid Project. Disse programmene lar utvikling og analyse av millioner av modeller for potente kandidater [2] .ConclusionTaken sammen, er cloud computing et positivt og svært nyttig tilnærming i HTS. Det hjelper i å løse innledende mysterier angående viktige forbindelser i narkotika oppdage for eksempel, apoptose hemmere, PARP-inhibitorer, EGFR-hemmere etc. og analoger. Den viktigste fordelen er fleksibiliteten av cloud computing som tillater bare nødvendig informasjon som skal gis til brukeren på bekostning av ren internettilgang. Det er interessant å legge merke til at cloud computing åpner dørene for ikke bare høye budsjett farmasøytiske og forskningsindustrien, men også gir muligheter til lavt budsjett forskere ved deres dør steps.References Buyya R, Yeo CS et al. Markedsrettet Cloud Computing: Vision, Hype, og virkelighet for å levere IT-tjenester som Computing Verktøy. Institutt for informatikk og Software Engineering, University of Melbourne, Australia. s. 9. Hentet 2008-07-31. Morris GM, Huey R et al. AutoDock4 og AutoDockTools4: Automatisert docking med selectie reseptor fleksibilitet. J Comput Chem 2009Dec; 30 (16): 2785-2791.Related PostsComputational Approach for HTS: Q (SAR) Rational Høy throughput screening relatert til Cloud Computing i HTS QSAR med COMFA i HTS (Del 1) Innledning Høy throughput screening er en slags blind fly i luftrommet av medisiner. Man kan lande trygt på bakken av en ... Rational Høy throughput screening Innledning Moderne trender mot medisiner involvere cherry picking av inhibitorer fra sammensatte biblioteker for å screene millioner av prøver. Antallet forbindelser i ... miniatyrisering av HTS Analyser Innføring Suksess for en teknologi ikke er avhengig bare på kvaliteten eller mengden av resultater. Det er i stedet en multifaktoriell paradigme basert på en ...